NUEVO MÉTODO DE ANÁLISIS FILOGENÉTICO USANDO TAXPLOT, Y SU APLICACIÓN EN BACTERIAS CAUSANTES DE ENFERMEDAD DIARREICA AGUDA

Autores

  • Roberto Adolfo Ubidia-Incio Facultad de Ciencias y Filosofía, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Av. Honorio Delgado 430, Lima 31, 2Lima, Perú. / Universidad Nacional Federico Villarreal, Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas. Jr. Río Chepén 290,Lima 10, Perú https://orcid.org/0000-0001-6980-526X
  • Jeel Jr. Moya-Salazar Facultad de Ciencias y Filosofía, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Av. Honorio Delgado 430, Lima 31, 2Lima, Perú. / Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé, Av. Alfonso Ugarte 825, Lima 01, Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0002-7357-4940

DOI:

https://doi.org/10.24039/rtb2017151135

Palavras-chave:

análisis genómico, base de datos, filogenética, proteína

Resumo

Las proteínas son importantes en la filogenética dado que muestran la conservación, no solo de sus secuencias, sino también de sus funciones y de las propiedades de sus diferentes subestructuras debido a la conservación de las familias de aminoácidos. El análisis de grupos de datos de un gran número de proteínas puede mostrar sus propiedades que han tenido fuerza de manejo de la diversificación de especies. Aquí, presentamos un nuevo método filogenético para la construcción de cladogramas usando la base de datos TaxPlot. Hemos construido un cladograma utilizando el método UPGMA de acuerdo con los aciertos (Hits) totales obtenidos a partir de todas las combinaciones de TaxPlot previamente transformados en porcentajes de similitud. Este cladograma basado en la similitud de los proteomas bacterianos presenta una gran similitud con las relaciones que existen para los organismos analizados en base a secuencias conservadas.

Downloads

Não há dados estatísticos.

Referências

Akortha, E.E. & Filgona, J. 2009. Transfer of gentamicin resistance genes among enterobacteriaceae isolated from the outpatients with urinary tract infections attending 3 hospitals in Mubi, Adamawa State. Scientific Research and Essays, 4:745-752.

Bhagwat, A.A.; Bhagwat, M. 2008. Methods and tools for comparative genomics of foodborne pathogens. Foodborne Pathogens and Disease, 5:487-497.

Cama, R.I.; Parashar, U.D.; Taylor, D.N.; Hickey, T.; Figueroa, D.; Ortega, Y.R.; Romero, S.; Perez, J.; Sterling, C.R.; Gentsch, J.R.; Gilman, R.H. & Glass, R.I. 1999. Enteropathogens and other factors associated with severe disease in children with acute watery diarrhea in Lima, Peru. Journal of Infectious Diseases, 179: 1139- 1144.

Chieh-Hua, L.; Chun-Yi, L.; Chao, A.H. & Feng- Chi, C. 2011. Changes in transcriptional orientation are associated with increases in evolutionary rates of enterobacterial genes. BMC Bioinformatics, 12(Suppl 9): S19.

Ciccarelli, F.D.; Doerks, T.; von Mering, C.; Creevey, C.J.; Snel, B. & Bork,.P. 2006. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science, 311: 1283–1287.

Heidelberg, J.F.; Eisen, J.A.; Nelson, W.C.; Clayton, R.A.; Gwinn, M.L.; Dodson, R.J.; Haft, D.H.; Hickey, E.K.; Peterson, J.D.; Umayam, L.; Gill, S.R.; Nelson, K.E.; Read, T.D.; Tettelin, H.; Richardson, D.; Ermolaeva, M.D.; Vamathevan, J.; Bass, S.; Qin, H.; Dragoi, I.; Sellers, P.; McDonald, L.; Utterback, T.; Fleishmann, R.D.; Nierman, W.C.; White, O.; Salzberg, S.L.; Smith, H.O.; Colwell, R.R.; Mekalanos, J.J.; Venter, J.C. & Fraser, C.M. 2000. DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholera. Nature, 406:477-483.

Kuske. R.C.; Ticknor, L.O.; Miller, M.E.; Dunbar, M.J.; Davis, A.J.; Barns, M.S. & Belnap, J. 2002. Comparison of soil bacterial communities in rhizospheres of three plant species and the interspaces in arid grassland. Applied and Environmental Microbiology, 8:1854-1863.

Makarova, S.K.; Wolf, I.Y. & Koonin, V.E. 2015. Archaeal Clusters of Orthologous Genes (arCOGs): An Update and application for analysis of shared features between Thermococcales, Methanococcales and Methanobacteriales. Life, 5: 818-840.

MINSA. 2015. Plan de Comunicaciones, Prevención de Enfermedades Diarreicas Agudas (EDA) y Cólera 2014, versión preliminar. Ministerio de Salud del Perú. Extraído el 07 de Enero del 2015. Desde http://www.minsa.gob.pe/portada/Especial es/2014/lavadomanos/archivo/Plan_de_comunicaciones-prevencion_de_ enfermedades_diarreicas_y_colera.pdf

Montiel, A.F. 1997. Flora bacteriana habitual. Boletín Escuela de Medicina U.C. Pontificia Universidad Católica de Chile, 26:133-139.

Moran, A.N.; Russell, J.A.; Koga, R. & Fukatsu, T. 2005. Evolutionary Relationships of three new species of Enterobacteriaceae living as symbionts of aphids and other insects. Applied and Environmental Microbiology, 71:3302-3310.

Moya-Salazar, J. & Ubidia-Incio, R. 2015. Genome-scale analysis of protein functions and evolution from acute diarrheal diseasecausing bacteria using COG database and Tax Plot. Revista Latinoamericana de Patología Clínica y Medicina de Laboratorio, 62: 206-219.

Murga, H.; Huicho, L. & Guevara, G. 1993. Acute diarrhea and Campylobacter in Peruvian children: a clinical and epidemiologic approach. Journal of Tropical Pediatrics, 39:338-341

Neupane, S.; Finlay, R.D.; Alström, S.; Goodwin, L.; Kyrpides, N.C; Lucas, S.; Lapidus, A.; Bruce, D.; Pitluck, S.; Peters, L.; Ovchinnikova, G.; Chertkov, O.; Han, J.; Han, C.; Tapia, R.; Detter, J.C.; Land, M.; Hauser, L.; Cheng, J.F.; Ivanova, N.; Pagani, I.; Klenk, H.P.; Woyke, T. & Högberg, N. 2012. Complete genome sequence of Serratia plymuthica strain AS12. Standards in Genomic Sciences, 6:165-173.

Roman, L.T.; Michael, Y.G.; Darren, A.N. & Eugene, V.K. 2000. The COG database: a tool for genome-scale analysis of protein functions and evolution. Nucleic Acids Research, 28:33–36.

Seas, C.; Alarcón, M.; Aragón, J.C.; Beneit, S.; Quiñonez, M.; Guerra, H. & Gotuzzo, E. 2000. Surveillance of bacterial pathogens associated with acute diarrhea in Lima. International Journal of Infectious Diseases, 4:96-99.

Siddaramappa, S.S. 2007. Comparative and Functional Genomic Studies of Histophilussomni (Haemophilus somnus) [Engineering Thesis]. Blacksburg, Virginia Polytechnic Institute and State University.

Stecher, B.; Denzler, R.; Maier, L.; Berneta, F.; Sandersc, M.J.; Pickard, D.J.; Barthel, M.; Westendorf, A.M.; Krogfelt, K.A.; Walker, A.W.; Ackermann, M.; Dobrindt, U.; Thomson, N.R. & Hardt, W.D. 2012. Gut inflammation can boost horizontal gene transfer between pathogenic and commensal Enterobacteriaceae. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109: 1269–1274.

Thorat, S.S. & Thakare, V.P. 2013. Analysis of Staphilococcus using comparative genomics. International Journal of Scientific and Engineering Research, 4:1775-1779.

Tatusov, R.L.; Fedorova, N.D.; Jackson, J.D.; Jacobs, A.R.; Kiryutin, B.; Koonin, E.V.; Krylov, D.M.; Mazumder, R.; Mekhedov, S.L.; Nikolskaya, A.N.; Rao, B.S.; Smirnov, S.; Sverdlov, A.V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y.I.; Yin, J.J. & Natale, D.A. 2003. The COG database: an updated version includes eukaryotes. BMC Bioinformatics, 4:41.

Wheeler, D.; Benson, D. & Rapp, B. 2001. Using TaxPlot to compare Genomes. Bethesda, National Center for Biotechnology Information News, 1-2.

WHO. 1999. The World Health Report: making a difference. World Health Organization, Geneva.

Winn, W.; Allen, S.; Janda, W.; Koneman, E.; Procop, G.; Schreckenberger, P.C. & Woods, G. 2006. Koneman's Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology, 6th ed. Philadelphia, Lippincott Williams & Wilkins.

Downloads

Publicado

2017-06-12

Como Citar

Ubidia-Incio, R. A., & Moya-Salazar, J. J. (2017). NUEVO MÉTODO DE ANÁLISIS FILOGENÉTICO USANDO TAXPLOT, Y SU APLICACIÓN EN BACTERIAS CAUSANTES DE ENFERMEDAD DIARREICA AGUDA. The Biologist, 15(1), 15–22. https://doi.org/10.24039/rtb2017151135

Edição

v. 15 n. 1 (2017): The Biologist (Lima)

Seção

Artigos Originais

Licença

Copyright (c) 2017 The Biologist

Creative Commons License

Este trabalho está licenciado sob uma licença Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Objeto: El AUTOR-CEDENTE transfiere de manera TOTAL Y SIN LIMITACIÓN alguna al CESIONARIO (Revista The Biologist (Lima)) los derechos patrimoniales que le corresponden sobre sus obras por el tiempo que establezca la ley internacional. En virtud de lo anterior, se entiende que el CESIONARIO adquiere el derecho de reproducción en todas sus modalidades, incluso para inclusión audiovisual; el derecho de transformación o adaptación, comunicación pública, traducción, distribución y, en general, cualquier tipo de explotación que de las obras se pueda realizar por cualquier medio conocido o por conocer en el territorio nacional o internacional.

Remuneración: La cesión de los derechos patrimoniales de autor que mediante este contrato se hace será a título gratuito.

Condiciones y legitimidad de los derechos: El AUTOR-CEDENTE garantiza que es propietario integral de los derechos de explotación de la(s) obra(s) y en consecuencia garantiza que puede contratar y transferir los derechos aquí cedidos sin ningún tipo de limitación por no tener ningún tipo de gravamen, limitación o disposición. En todo caso, responderá por cualquier reclamo que en materia de derecho de autor se pueda presentar, exonerando de cualquier responsabilidad al CESIONARIO.

Licencia de acceso abierto: El AUTOR-CEDENTE autoriza que manuscrito publicado en la Revista Científica The Biologist (Lima) (versión Impresa ISSN 1816-0719, versión en línea ISSN 1994-9073) permanece disponible para su consulta pública en el sitio web http://revistas.unfv.edu.pe/index.php/rtb/index y en los diferentes sistemas de indexación y bases de datos en las que la revista tiene visibilidad, bajo la licencia Creative Commons, en la modalidad Reconocimiento-No comercial- Sin Trabajos derivados –aprobada en Perú, y por lo tanto son de acceso abierto. De ahí que los autores dan, sin derecho a retribución económica, a la Escuela Profesional de Biología, Facultad de Ciencias Naturales y Matemática de la Universidad Nacional Federico Villarreal (EPB - FCCNM - UNFV), los derechos de autor para la edición y reproducción a través de diferentes medios de difusión.