NUEVO MÉTODO DE ANÁLISIS FILOGENÉTICO USANDO TAXPLOT, Y SU APLICACIÓN EN BACTERIAS CAUSANTES DE ENFERMEDAD DIARREICA AGUDA

Roberto Adolfo Ubidia-Incio, Jeel Jr. Moya-Salazar

Resumen


Las proteínas son importantes en la filogenética dado que muestran la conservación, no solo de sus secuencias, sino también de sus funciones y de las propiedades de sus diferentes subestructuras debido a la conservación de las familias de aminoácidos. El análisis de grupos de datos de un gran número de proteínas puede mostrar sus propiedades que han tenido fuerza de manejo de la diversificación de especies. Aquí, presentamos un nuevo método filogenético para la construcción de cladogramas usando la base de datos TaxPlot. Hemos construido un cladograma utilizando el método UPGMA de acuerdo con los aciertos (Hits) totales obtenidos a partir de todas las combinaciones de TaxPlot previamente transformados en porcentajes de similitud. Este cladograma basado en la similitud de los proteomas bacterianos presenta una gran similitud con las relaciones que existen para los organismos analizados en base a secuencias conservadas.

Palabras clave


análisis genómico; base de datos; filogenética; proteína

Texto completo:

PDF

Referencias


Akortha, E.E. & Filgona, J. 2009. Transfer of gentamicin resistance genes among enterobacteriaceae isolated from the outpatients with urinary tract infections attending 3 hospitals in Mubi, Adamawa State. Scientific Research and Essays, 4:745-752.

Bhagwat, A.A.; Bhagwat, M. 2008. Methods and tools for comparative genomics of foodborne pathogens. Foodborne Pathogens and Disease, 5:487-497.

Cama, R.I.; Parashar, U.D.; Taylor, D.N.; Hickey, T.; Figueroa, D.; Ortega, Y.R.; Romero, S.; Perez, J.; Sterling, C.R.; Gentsch, J.R.; Gilman, R.H. & Glass, R.I. 1999. Enteropathogens and other factors associated with severe disease in children with acute watery diarrhea in Lima, Peru. Journal of Infectious Diseases, 179: 1139- 1144.

Chieh-Hua, L.; Chun-Yi, L.; Chao, A.H. & Feng- Chi, C. 2011. Changes in transcriptional orientation are associated with increases in evolutionary rates of enterobacterial genes. BMC Bioinformatics, 12(Suppl 9): S19.

Ciccarelli, F.D.; Doerks, T.; von Mering, C.; Creevey, C.J.; Snel, B. & Bork,.P. 2006. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science, 311: 1283–1287.

Heidelberg, J.F.; Eisen, J.A.; Nelson, W.C.; Clayton, R.A.; Gwinn, M.L.; Dodson, R.J.; Haft, D.H.; Hickey, E.K.; Peterson, J.D.; Umayam, L.; Gill, S.R.; Nelson, K.E.; Read, T.D.; Tettelin, H.; Richardson, D.; Ermolaeva, M.D.; Vamathevan, J.; Bass, S.; Qin, H.; Dragoi, I.; Sellers, P.; McDonald, L.; Utterback, T.; Fleishmann, R.D.; Nierman, W.C.; White, O.; Salzberg, S.L.; Smith, H.O.; Colwell, R.R.; Mekalanos, J.J.; Venter, J.C. & Fraser, C.M. 2000. DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholera. Nature, 406:477-483.

Kuske. R.C.; Ticknor, L.O.; Miller, M.E.; Dunbar, M.J.; Davis, A.J.; Barns, M.S. & Belnap, J. 2002. Comparison of soil bacterial communities in rhizospheres of three plant species and the interspaces in arid grassland. Applied and Environmental Microbiology, 8:1854-1863.

Makarova, S.K.; Wolf, I.Y. & Koonin, V.E. 2015. Archaeal Clusters of Orthologous Genes (arCOGs): An Update and application for analysis of shared features between Thermococcales, Methanococcales and Methanobacteriales. Life, 5: 818-840.

MINSA. 2015. Plan de Comunicaciones, Prevención de Enfermedades Diarreicas Agudas (EDA) y Cólera 2014, versión preliminar. Ministerio de Salud del Perú. Extraído el 07 de Enero del 2015. Desde http://www.minsa.gob.pe/portada/Especial es/2014/lavadomanos/archivo/Plan_de_comunicaciones-prevencion_de_ enfermedades_diarreicas_y_colera.pdf

Montiel, A.F. 1997. Flora bacteriana habitual. Boletín Escuela de Medicina U.C. Pontificia Universidad Católica de Chile, 26:133-139.

Moran, A.N.; Russell, J.A.; Koga, R. & Fukatsu, T. 2005. Evolutionary Relationships of three new species of Enterobacteriaceae living as symbionts of aphids and other insects. Applied and Environmental Microbiology, 71:3302-3310.

Moya-Salazar, J. & Ubidia-Incio, R. 2015. Genome-scale analysis of protein functions and evolution from acute diarrheal diseasecausing bacteria using COG database and Tax Plot. Revista Latinoamericana de Patología Clínica y Medicina de Laboratorio, 62: 206-219.

Murga, H.; Huicho, L. & Guevara, G. 1993. Acute diarrhea and Campylobacter in Peruvian children: a clinical and epidemiologic approach. Journal of Tropical Pediatrics, 39:338-341

Neupane, S.; Finlay, R.D.; Alström, S.; Goodwin, L.; Kyrpides, N.C; Lucas, S.; Lapidus, A.; Bruce, D.; Pitluck, S.; Peters, L.; Ovchinnikova, G.; Chertkov, O.; Han, J.; Han, C.; Tapia, R.; Detter, J.C.; Land, M.; Hauser, L.; Cheng, J.F.; Ivanova, N.; Pagani, I.; Klenk, H.P.; Woyke, T. & Högberg, N. 2012. Complete genome sequence of Serratia plymuthica strain AS12. Standards in Genomic Sciences, 6:165-173.

Roman, L.T.; Michael, Y.G.; Darren, A.N. & Eugene, V.K. 2000. The COG database: a tool for genome-scale analysis of protein functions and evolution. Nucleic Acids Research, 28:33–36.

Seas, C.; Alarcón, M.; Aragón, J.C.; Beneit, S.; Quiñonez, M.; Guerra, H. & Gotuzzo, E. 2000. Surveillance of bacterial pathogens associated with acute diarrhea in Lima. International Journal of Infectious Diseases, 4:96-99.

Siddaramappa, S.S. 2007. Comparative and Functional Genomic Studies of Histophilussomni (Haemophilus somnus) [Engineering Thesis]. Blacksburg, Virginia Polytechnic Institute and State University.

Stecher, B.; Denzler, R.; Maier, L.; Berneta, F.; Sandersc, M.J.; Pickard, D.J.; Barthel, M.; Westendorf, A.M.; Krogfelt, K.A.; Walker, A.W.; Ackermann, M.; Dobrindt, U.; Thomson, N.R. & Hardt, W.D. 2012. Gut inflammation can boost horizontal gene transfer between pathogenic and commensal Enterobacteriaceae. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109: 1269–1274.

Thorat, S.S. & Thakare, V.P. 2013. Analysis of Staphilococcus using comparative genomics. International Journal of Scientific and Engineering Research, 4:1775-1779.

Tatusov, R.L.; Fedorova, N.D.; Jackson, J.D.; Jacobs, A.R.; Kiryutin, B.; Koonin, E.V.; Krylov, D.M.; Mazumder, R.; Mekhedov, S.L.; Nikolskaya, A.N.; Rao, B.S.; Smirnov, S.; Sverdlov, A.V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y.I.; Yin, J.J. & Natale, D.A. 2003. The COG database: an updated version includes eukaryotes. BMC Bioinformatics, 4:41.

Wheeler, D.; Benson, D. & Rapp, B. 2001. Using TaxPlot to compare Genomes. Bethesda, National Center for Biotechnology Information News, 1-2.

WHO. 1999. The World Health Report: making a difference. World Health Organization, Geneva.

Winn, W.; Allen, S.; Janda, W.; Koneman, E.; Procop, G.; Schreckenberger, P.C. & Woods, G. 2006. Koneman's Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology, 6th ed. Philadelphia, Lippincott Williams & Wilkins.




DOI: http://dx.doi.org/10.24039/rtb2017151135

Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.


Copyright (c) 2017 The Biologist